Congés et arrêts maladie dans la fonction publique, vers un changement historique

Peut-on vraiment perdre ses congés à cause d’un arrêt maladie en France ? La question est loin d’être anodine, surtout à l’heure où une directive européenne pousse Paris à revoir sa copie.

Entre les règles du secteur privé, les spécificités du public et les nouvelles obligations issues de la loi DDADUE de 2024, les implications sont majeures pour les employeurs comme pour les salariés.

À travers cet article, formation-publique.com décrypte les règles, les réformes en cours et leurs conséquences très concrètes sur vos droits et votre quotidien professionnel.

Peut-on être en arrêt maladie pendant ses congés en France ?

En France, il est tout à fait possible d’être en arrêt maladie pendant ses congés payés, mais les conséquences fluctuent selon le moment où la maladie survient.

Si la maladie se déclare avant le début de vos congés, l’arrêt maladie suspend le départ en congé. Cela signifie que vous pouvez reporter vos congés payés après la fin de votre arrêt, vous garantissant ainsi un repos effectif sans perte de jours de congé.

Cette situation, bien que claire sur le papier, crée une certaine incertitude juridique. Les employeurs et les salariés doivent appréhender un cadre légal parfois flou, ce qui peut engendrer des tensions. Le droit au repos effectif des salariés est au cœur de ce débat, et les discussions autour de ces règles mettent en lumière les enjeux liés à la protection des droits des travailleurs.

Au-delà des aspects juridiques, cette question soulève un débat social plus large. Elle interroge sur l’équilibre entre la protection de la santé des salariés et le respect de leurs droits à des congés payés. Les entreprises doivent jongler entre ces impératifs, tout en veillant à ne pas compromettre la productivité et le fonctionnement de leurs équipes. Les discussions continuent, et les solutions restent à trouver pour satisfaire toutes les parties impliquées.

Les différences entre le privé et la fonction publique

En France, les arrêts maladie peuvent survenir avant ou pendant une période de congés payés. Les règles de gestion de ces situations diffèrent selon que l’on travaille dans le secteur privé ou public. Ce comparatif permet de mieux comprendre les droits et les limites de chaque régime en matière de report, d’indemnisation et d’acquisition des congés.

Le droit au report des congés

Dans les deux secteurs, les jours de congés payés coïncidant avec un arrêt de travail pour maladie ne sont pas perdus :

• Secteur privé : Le salarié bénéficie automatiquement du report, qu’il s’agisse d’un arrêt survenu avant ou durant les congés.
• Fonction publique : Le report est possible mais soumis à l’appréciation de l’administration, notamment en fonction des nécessités du service.

L’indemnisation pendant l’arrêt maladie

Le niveau de rémunération en cas d’arrêt varie sensiblement entre les deux secteurs :

Acquisition de congés payés durant l’arrêt

La réforme de 2024 dans le secteur privé a apporté de la clarté et de nouveaux droits :

• Privé : L’arrêt maladie, même non professionnel, ouvre droit à 2 jours ouvrables de congés payés par mois, dans la limite de 24 jours par an.
• Public : Les règles sont plus floues ; en principe, l’acquisition est maintenue pendant l’arrêt, mais sans cadre aussi précis que dans le privé.

Reprise du travail après l’arrêt

Les règles de reprise sont similaires :

• Si l’arrêt se termine avant la fin des congés : le salarié ou l’agent reprend ses congés restants.
• Sinon : retour au travail à la fin de l’arrêt maladie.

Résumé des principales différences

• Indemnisation : Avantage au public avec un maintien plus généreux du traitement.
• Report de congés : Automatique dans le privé, soumis à conditions dans le public.
• Acquisition de congés : Encadrée et renforcée dans le privé depuis 2024, moins codifiée dans le public.

Une directive européenne veut modifier le code du travail français

La Commission européenne a adressé le 20 juin 2025 une lettre de mise en demeure à la France concernant le Code du travail. Ce dernier ne respecte pas une directive de 2003 sur le temps de travail, notamment en ce qui concerne le droit au repos de quatre semaines minimum.

Actuellement, la Cour de cassation française stipule qu’un salarié malade pendant ses congés ne peut pas exiger de nouveaux congés. Cette position est jugée non conforme par la Cour de Justice de l’Union Européenne (CJUE).

La France dispose d’un délai de deux mois pour adapter sa législation. Les employeurs devront ajuster leurs pratiques à la rentrée parlementaire pour éviter une condamnation par la CJUE. Selon l’arrêt de la CJUE dans l’affaire C78/11, le congé annuel payé vise à permettre au travailleur de se reposer, tandis que le congé de maladie est destiné à la guérison.

En conséquence, un travailleur malade pendant ses congés a le droit de demander un report de ceux-ci.

La position de la France actuellement est que les congés payés ne sont ni prolongés ni reportés si l’arrêt maladie se termine avant la fin des congés. La position européenne est claire : le droit au report des jours de congés non pris en raison de maladie doit être respecté. La mise en demeure de la France par la Commission européenne pourrait donc engendrer une révision de la législation nationale pour aligner les droits des travailleurs sur les standards européens.

Conséquences pratiques pour les employeurs et les salariés

Pour les employeurs, l’adaptation des pratiques est capitale. La mise en demeure de la France par la Commission européenne impose une révision des règles de congés. Les employeurs devront intégrer dans leur gestion des ressources humaines le droit au report des jours de congés non pris en raison de maladie, comme le préconise la CJUE.

Pour les salariés, cette mise en conformité pourrait améliorer leurs droits. En cas de maladie pendant les congés, ils pourraient désormais demander à reporter leurs jours de congés. Actuellement, la loi DDADUE (Loi n°2024-364) prévoit une période de report de 15 mois pour utiliser les congés non pris en raison de maladie et l’acquisition de deux jours ouvrables par mois pendant l’arrêt maladie non professionnelle.

La législation européenne va t’elle modifier les règles des congés en France ?

La législation européenne joue un rôle fondamental dans l’harmonisation des droits des travailleurs à travers l’Union. L’influence de la Cour de Justice de l’Union Européenne (CJUE) sur les pratiques nationales est particulièrement notable dans le domaine du droit du travail.

En ce qui concerne les congés, la directive de 2003 sur le temps de travail établit un cadre qui vise à protéger les droits des travailleurs, en garantissant un minimum de quatre semaines de repos. Cette directive a pour but de promouvoir la santé et le bien-être des travailleurs, en s’assurant qu’ils bénéficient d’un temps de repos suffisant pour se ressourcer.

Les employeurs français se trouvent dans une situation où ils doivent réévaluer leurs politiques internes pour se conformer aux exigences européennes. Cette adaptation n’est pas seulement une question de légalité, mais également de compétitivité et de réputation. Les entreprises qui respectent les normes européennes peuvent attirer et retenir des talents en offrant des conditions de travail équitables et respectueuses des droits des salariés. Les employeurs doivent donc être proactifs dans l’ajustement de leurs pratiques, en intégrant des mécanismes de report de congés en cas de maladie, pour éviter des pénalités potentielles et améliorer la satisfaction des employés.

Pour les salariés, l’alignement de la législation française sur les normes européennes pourrait représenter une avancée significative en matière de droits sociaux. La possibilité de reporter des congés en cas de maladie offre une sécurité supplémentaire aux travailleurs, leur permettant de profiter pleinement de leurs vacances une fois rétablis. Cette évolution pourrait également sensibiliser davantage les salariés à leurs droits, les incitant à être plus vigilants et informés sur les législations qui les protègent. En fin de compte, cette mise en conformité pourrait renforcer la culture du bien-être au travail en France, en valorisant la santé et le repos comme des éléments essentiels de la productivité et du bonheur au travail.

Émilie (Angers) « Mes vacances chamboulées par un arrêt maladie »

Je me souviens de cette année où j’avais prévu de partir en vacances pendant deux semaines. Malheureusement, un imprévu a tout bouleversé. Juste avant de partir, j’ai dû être arrêtée pour des raisons de santé, et cet arrêt a duré deux mois. J’étais déçue car je pensais pouvoir reporter mes congés, mais j’ai découvert que la politique de mon entreprise ne le permettait pas. Si l’arrêt commence pendant les vacances, ces jours sont considérés comme perdus.

J’ai cherché des informations pour savoir si d’autres pays avaient des règles différentes. J’ai appris qu’en Belgique, depuis le 1er janvier 2024, les congés peuvent être récupérés si l’incapacité survient pendant les vacances. Cela m’a fait réfléchir sur les différences de traitement selon les pays. En Suisse et en Allemagne, il semble qu’une politique similaire existe, bien que je n’ai pas trouvé de détails précis. Cette expérience m’a ouvert les yeux sur la complexité des droits liés aux congés et aux arrêts maladie.

Travailler pendant un arrêt maladie ou des congés ? Vos droits expliqués